Unit Khusus di Rumah Sakit Islam Sultan Agung Banjarbaru merupakan unit yang khusus untuk memberikan pelayanan prima kepada umat yang terdiri dari Instalasi Bedah Sentral (IBS) atau biasa disebut dengan Kamar Operasi / Operatie Kamer (OK), ICU (Intensive Care Unit) / PICU (Pediatric Intensive Care Unit) / NICU (Neonatal Intensive Care Unit). Hemodialisa (proses pembersihan darah oleh akumulasi sampah buangan atau terapi cuci darah di luar tubuh bagi penderita bagi gagal ginjal atau pasien berpenyakit akut yang membutuhkan dialysis waktu singkat), Pelayanan Instalasi Gawat Darurat (IGD) 24 Jam, Ruangan Isolasi, dan unit pelayanan COVID-19 dengan jalur dan tenaga medis khusus serta ruangan isolasi tersendiri.